位相差顕微鏡検査でトレポネーマデンティコーラ（Ｔ，ｄ菌）を確認することはできますが、その他の菌の種類や、正確な菌数を知ることは難しいのです。
患者さんの中には位相差顕微鏡検査でＴ，ｄ菌はほとんど確認できないのに、歯周病の症状を訴える方がいらっしゃいます。その場合、他の検査の結果と総合的に判断し、必要な場合はリアルタイムＰＣＲ法をおすすめしています。
リアルタイムＰＣＲ法によるＤＮＡ診断によって、ＲｅｄＣｏｍｐｌｅｘの菌の種類の特定、菌の数を数値化し、確認することができます。
菌が特定できることにより、菌に対する内服の薬や抗カビ剤の使用で除菌の処置をすすめていきます。